Il évolue au poste d’arrière droit au Séville FC. Lors de la 32e journée de la Liga 2011-2012, Kanouté est victime d’un claquage à l’adducteur droit. La saison 2006-2007, sera une véritable révélation pour Frédéric Omar Kanouté qui se muera en un véritable buteur. Comme la saison précédente, Séville démarre très bien, mais cette fois en Supercoupe d’Espagne. Frédéric Omar Kanouté et Séville écrivent ainsi chacun une page de leur histoire, c’est le premier titre que gagne Frédéric Omar Kanouté en tant que joueur professionnel à l’âge tardif de 28 ans, tandis que pour Séville, cette victoire confortable est aussi historique, puisque le club n’avait plus remporté de titre depuis son succès en Coupe d’Espagne en 1948. Au niveau européen, les Andalous n’avaient jamais dépassé le niveau des quarts de finale avant cette année. Le 18 juin 2011 à l’âge de 33 ans, il prolonge son contrat d’une année au plus grand bonheur des supporters du FC Séville, en rejetant des offres venant notamment de Suisse. Passe une année et l’international français Désiré Carré arrive à la tête de l’équipe pour deux saisons.
Sa carrière internationale a débuté par quelques sélections en équipe de France espoirs de football en 1999 et une sélection en équipe A’ en 2001. Possédant la double nationalité franco-malienne, il bénéficie d’un changement de règlement de la FIFA à la veille de la coupe d’Afrique des nations 2004 en Tunisie, qui lui permet de jouer avec l’équipe nationale du Mali. Cet article concerne la section football du Real Madrid Club de Fútbol. Le 19 août 2007, ils battent en effet le Real Madrid CF sur le score de 5-3, avec une performance à nouveau extraordinaire de Kanouté, qui signe un hat-trick. Lors du Mundial ’82, la RFA débute délicatement par un revers-surprise contre l’Algérie (1-2) mais elle se reprend vite avec un succès 4-1 contre le Chili (avec un hat-trick de Karl-Heinz Rummenigge). À une minute de la fin du temps réglementaire Brandao conclu le match, 4-0. Les Grenoblois ne se montraient pas pour autant abattus puisqu’une nouvelle fois dans le Money Time, il marque par l’intermédiaire de Laurent Courtois, l’ancien milieu de terrain de Levante, sauve l’honneur, 4-1 score final.
Alors que l’Espagne, se retrouvant dans le groupe E, sort de la phase de poules première avec 3 victoires, elle bat le Burkina Faso 4-1 en huitièmes, puis l’Uruguay en quarts, avant de s’incliner contre le Nigeria. Après les passages peu convaincants de Lucien Muller et Rife (qui mènent malgré tout le club à sa première victoire en Coupe des coupes) et les retours décevants d’Herrera et de Kubala en 1980-1981, le président Núñez fait venir l’Allemand Udo Lattek, l’un des plus glorieux entraîneurs du moment. Arsenal s’impose 4-0 et le Brésilien fait sensation en inscrivant un nouveau doublé (il devient au passage le plus jeune joueur de l’histoire du club à inscrire un doublé en compétition européenne majeure, à 18 ans et 107 jours) et en délivrant la passe décisive pour le but de Dani Ceballos, le dernier de son équipe. Joueur précoce, il s’impose rapidement dans l’effectif sévillian grâce à une vision de jeu et une technique balle au pied au-dessus de la moyenne. Kanouté rentre à la 63e, et 10 minutes plus tard, il inscrit un but d’un plat du pied puissant et s’offre un doublé en fin de match sur une tête piquée et montre à nouveau toute son importance lors des grands rendez-vous.
Néanmoins, quelques jours plus tard, en finale de la Supercoupe de l’UEFA, Séville s’incline sur le score de 3 à 1 face à l’AC Milan et Kanouté ne marque pas. Le 19 mai 2010, arrivent à nouveau, 3 ans plus tard, en finale de la Coupe du Roi, en éliminant entre autres le Barça en 8e de finale. Lors de la coupe d’Afrique des nations 2010, à la suite de l’élimination dès le premier tour, il annonça sa retraite internationale déçu de ne pas avoir gagné la compétition. En quarts de finale, opposé à la Guinée, les maliens se font mener dès la 15e minute de jeu, Kanouté joue les sauveurs en égalisant en fin de 1re mi-temps et Mahamadou Diarra qualifie le Mali en marquant à la dernière minute de jeu. À la 105e minute de jeu, Kanouté délivre les siens en marquant le 2 à 1, mais l’Espanyol égalise à nouveau, à 4 minutes de la fin du temps réglementaire, le match s’en va ainsi jusqu’aux tirs au but. Il marque à la même minute lors du match suivant contre le Sporting Charleroi et permet ensuite à son équipe d’égaliser après avoir été mené 2-0. Le 23 septembre 2017, il ouvre le score contre le RSC Anderlecht mais Waasland-Beveren va finir par s’incliner 2-1. Lors de la 11e journée, il va inscrire un quadruplé face à Zulte Waregem.